勤怠管理システムを導入したいが、コストがネックで踏み切れない。そうした声は少なくありません。
導入に関わる代表的な制度は「デジタル化・AI導入補助金2026（旧：IT導入補助金）」と「働き方改革推進支援助成金（旧：時間外労働等改善助成金）」の2つです。
ただし対象経費・要件は大きく異なり、勤怠管理システムなら必ず対象になるというものではありません。
本記事では2つの違いと概要、申請前の注意点を整理します。

【この記事でわかること】

• 補助金・助成金の種類と違い
• 「デジタル化・AI導入補助金2026」「働き方改革推進支援助成金」それぞれの内容
• 申請前に確認すべき3つの注意点（準備期間・契約タイミング・報告義務）
   

そもそも補助金・助成金とは？

補助金・助成金はいずれも国や地方自治体が事業者を支援するために支給される返済不要の制度です。

補助金は、特定の政策目標に沿った設備投資などを行う事業者を支援する制度です。審査があり、採択された場合にのみ受け取れます。また、原則として交付決定後に購入や契約などの取り組みを行い、設備などの導入後に支給されます。

助成金は、雇用や労働環境の改善に取り組む事業者を支援する制度です。補助金のような採択審査はなく、要件を満たしていれば原則として支給されます。事前に計画書等を提出した上で取り組みを行い、実績報告（支給申請）後に支給されます。

どちらも同じ取り組みや経費に対して複数の補助金・助成金を重複して受け取ることはできません。
 

勤怠管理システムの導入で活用できる主な制度2つ

勤怠管理システムの導入に関わる代表的な制度は次の2つです。
 

デジタル化・AI導入補助金2026
中小企業・小規模事業者が労働生産性の向上を目的としてITツールを導入する際に、その費用の一部を補助する制度です。申請後に審査があり、採択された場合のみ受け取れます。
補助の対象は事務局に登録されたITツールに限られるため、検討中のシステムが対象となるかは公式ポータルの「ITツール検索」で確認してください。
 

働き方改革推進支援助成金
中小企業・小規模事業者が時間外労働の削減や年次有給休暇の取得促進に取り組む際に、その費用の一部を助成する制度です。
助成の対象は「交付申請（計画書提出）」後に実施する取り組み（改善事業）に限られ、あらかじめ設定された成果目標を達成することで支給されます。
 

ここからは、これらの制度を活用して勤怠管理システムを導入する場合の支援内容を見ていきましょう。
 

デジタル化・AI導入補助金2026を活用する場合

勤怠管理システムの導入では、主に「通常枠」の活用が考えられます。
自社の課題に合わせたITツールを導入し、業務の効率化や労働生産性の向上を目指す事業主を支援するための申請枠です。

デジタル化・AI導入補助金2026では、ツールの導入により効率化できる業務領域（プロセス）数により、申請区分や補助額が変わります。たとえば、勤怠管理システムを導入する場合は「総務・人事・給与・教育訓練・法務・情シス・統合業務」プロセスでの申請が考えられます。

補助金額は、以下の計算式で算出し、プロセス数に応じた補助額の範囲で申請します。
補助対象経費×補助率1/2以内（※）
※2024年10月から2025年9月の間で3ヶ月以上、「その当時の最低賃金はクリアしているが、新しい最低賃金（2025年度改定）には届かない賃金」で雇っている従業員が全体の3割以上いる場合は、補助率2/3以内。

1プロセスの場合、補助額は5万円以上150万円未満です。導入にかかる費用が少額で、下限の5万円に届かない場合は申請できません。
 

働き方改革推進支援助成金を活用する場合

勤怠管理システムの導入に活用できるコースとしては、「労働時間短縮・年休促進支援コース」と「業種別課題対応コース」の2つが考えられます。

いずれのコースでも、支給対象の取り組み（改善事業）に「労務管理用ソフトウェア等の導入・更新」が含まれており、勤怠管理システムはこの区分に関わります。
ただし原則として、パソコン・タブレット・スマートフォンの導入・更新は対象外です。
 

【労働時間短縮・年休促進支援コース】
働き方改革推進支援助成金の中で、全業種の中小企業を対象とするコースです。
生産性を向上させ、時間外労働の削減や年次有給休暇の取得促進に向けた環境整備に取り組み、労働条件の改善を目指す事業主を支援します。

【業種別課題対応コース】
建設業・運送業・病院など、時間外労働の上限規制対応や特有の労務課題を抱える特定業種を対象とするコースです。
週休2日制の推進や労働時間の短縮など、業種ごとの課題解決に向けた取り組みを目指す事業主を支援します。
 

助成金額は成果目標の達成状況に応じて、以下のいずれか低い額で支給します。
成果目標ごとの助成上限額及び加算額の合計
対象経費の合計額×補助率3/4（※）
※労働者数30人以下で、労務管理用ソフトウェアの導入等の費用が30万円を超える場合は補助率4/5。
 

＜例：「労働時間短縮・年休促進支援コース」の成果目標ごとの助成上限額＞

申請前に確認しておきたい3つの注意点

補助金・助成金の申請準備には時間がかかる

どちらの制度も、申請には一定の準備期間が必要です。
特にデジタル化・AI導入補助金2026では、GビズIDプライムの取得と「SECURITY ACTION」の宣言が交付申請の要件となっており、GビズIDプライムの発行には約2週間かかります。
 

交付決定を受ける前に契約しない

いずれの制度も交付決定後に契約を行います。交付決定前に行った場合、補助金・助成金の対象外です。
 

実施結果の報告が必要

どちらの制度も、取組の実施後に実績報告書の提出が必要です。
デジタル化・AI導入補助金2026では、申請要件に翌事業年度以降3年間の事業計画の策定と実行が含まれており、未達や期間内の未報告の場合、補助金の全部または一部の返還を求められます。
導入したITツールを解約・利用停止した場合は、辞退の手続きが必要です。
 

よくある質問

勤怠管理システムなら、何でも補助金・助成金の対象になりますか？

いいえ。働き方改革推進支援助成金では「労務管理用ソフトウェア等の導入・更新」が支給対象に含まれますが、成果目標の達成など他の要件も満たす必要があります。デジタル化・AI導入補助金2026では対象が登録ITツールに限られます。
 

申請すると、すぐに支給されますか？

いいえ。どちらも交付決定を受けてから取組を実施し、実績を報告したうえで支給・交付を受ける流れです。いったんは自社で費用を支出する必要がある点に留意してください。
 

制度の利用可否を待たずに始められる、低コストな勤怠管理という選択肢

制度を活用できれば導入の負担は軽くなりますが、交付決定を受けるまで契約できません。
つまり制度を前提にすると、制度の利用可否がはっきりするまで導入を止めて待つことになります。コストが理由で先送りが長引くなら、補助を前提にしなくても払い続けられる金額なのかという視点も必要です。その一例が、アマノグループが提供する勤怠管理クラウドサービス「CLOUZA（クラウザ）」です。
 

まとまった初期投資をかけずに始められる

CLOUZAは初期費用0円、サポート費用0円です。基本料金・最低料金・最低利用期間もなく、月額費用は打刻人数×200円～のみというシンプルな料金体系です。

打刻した人数で費用が決まるため、10名の事業所なら月額2,000円から始められます。負担できる金額であれば、制度の結果を待つ必要がありません。

料金についての詳細はこちら
 

今ある端末をそのまま打刻機として使える

専用の打刻端末を購入する必要はありません。事務所のPCやスタッフのスマートフォン・タブレットをそのまま利用できます。

今ある端末を使えればこの費用が発生しないため、初期の出費を抑えられます。

打刻方法についての詳細はこちら
 

費用感や料金モデルの違いから比較したい場合は、こちらの記事もあわせてご覧ください。

制度の確認と並行して、他の選択肢も見ておく

代表的な制度として2つ紹介しましたが、要件や対象経費は異なります。また、制度の内容は年度ごとに変わるため、自社が対象かどうかも含め、必ず各制度の公式サイトや窓口で詳細を確認してください。

制度の利用可否がはっきりするまでには、準備と審査の期間がかかります。コストが理由で迷っているなら、制度を利用しない場合の負担額も比較しておくことで、「制度が使えなかったので検討そのものが止まった」という状況を避けられます。

まずは30日間の無料トライアルで、費用をかけずに自社の運用に合うかどうかを体感してみてください。

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参考資料・出典一覧

デジタル化・AI導入補助金2026「通常枠」
デジタル化・AI導入補助金2026「新規申請・手続きフロー詳細」
デジタル化・AI導入補助金2026「交付決定後に必要な手続き」
デジタル化・AI導入補助金2026「公募要領（通常枠）」
厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）」
厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）」